Bordeaux et FC Magdebourg se sont affrontés 2 fois, en 1990/1991 : 2 victoires bordelaises, 0 nul et 0 défaite, 2 buts marqués et 0 encaissés.
Plus large victoire : FC Magdebourg 0-1 Girondins de Bordeaux (Coupe de l'UEFA, 23 octobre 1990). Dernière confrontation : Girondins de Bordeaux 1-0 FC Magdebourg (Coupe de l'UEFA, 6 novembre 1990). Meilleur buteur bordelais face à FC Magdebourg : Jean-Marc Ferreri (2 buts).