Alain Afflelou a été président des Girondins de Bordeaux de novembre 1990 à février 1991 (avec Jean-Didier Lange), puis d'août 1991 à mai 1996 (avec Jean-Didier Lange).
Sous sa présidence, le club obtient : Championnat de France de D2 (1991/1992), Coupe Intertoto (1995/1996) et Finaliste de la Coupe UEFA (1995/1996).