En 1939/1940, les Girondins de Bordeaux disputent 13 matchs officiels : Championnat de guerre (1er sur 6) et Coupe Charles Simon (1/16 de finale). Bilan : 10 victoires, 0 nul et 3 défaites, 52 buts marqués et 22 encaissés. Palmarès de la saison : Championnat de France CFA.
Meilleur buteur : Francisco "Paco" Mateo (24 buts), devant Henri Arnaudeau (13) et Louis Salson (8). 29 joueurs utilisés, le plus présent étant Henri Arnaudeau (13 matchs). Plus large victoire : Girondins de Bordeaux 9-1 FC Toulouse (1937-1967) (Championnat de guerre, 10 mars 1940).