En 1998/1999, les Girondins de Bordeaux disputent 44 matchs officiels : Division 1 (1er sur 18), Coupe de France (1/32 de finale), Coupe de la Ligue (1/16 de finale) et Coupe de l'UEFA (1/4 de finale). Bilan : 26 victoires, 9 nuls et 9 défaites, 77 buts marqués et 44 encaissés. Palmarès de la saison : Championnat de France.
Meilleur buteur : Sylvain Wiltord (27 buts), devant Lilian Laslandes (15) et Johan Micoud (12). 23 joueurs utilisés, le plus présent étant Lilian Laslandes (43 matchs). Plus large victoire : Girondins de Bordeaux 6-0 FC Metz (Division 1, 19 décembre 1998).